Tuy là một vị vua chính thức của vương triều nhà Lý, một vương triều rực rỡ của nước Đại Việt, vương triều đặt nền móng cho sự thịnh trị của các triều đại sau này, nhưng Lý Chiêu Hoàng đã không được sử sách công nhận một cách công bằng. Nhà Lý có 9 vị vua, nhưng chỉ có 8 vị trước Lý Chiêu Hoàng (từ Lý Thái Tổ tới Lý Huệ Tông) được thờ tại Đền Đô, còn riêng bà Chiêu Hoàng thì lại thờ riêng tại một khu vực khác, gọi là Đền Rồng.

Một số người cho rằng, vì bà đã để mất ngôi nhà Lý, nên bị coi là mang tội với dòng họ, nên không được thừa nhận và phải thờ riêng. Với quan điểm này, nhà thơ Tản Đà từng có bài thơ vịnh Lý Chiêu Hoàng:

Quả núi Tiên Sơn có nhớ công

Mà em đem nước để theo chồng...

Một gốc mận già thôi cũng phải

Hai trăm năm lẻ thế là xong.